Bactéries vs Virus : Comment l’IA transforme nos vieux remèdes en solutions futuristes contre l'antibiorésistance

Et si des virus devenaient nos meilleurs alliés pour combattre les infections ? C’est le pari fou mais prometteur de la phagothérapie, une vieille méthode qui revient en force grâce à l’intelligence artificielle (IA).

Imaginez des virus spécialisés, appelés phages, qui ne s’attaquent qu’aux bactéries (et pas à nous, rassurez-vous). Ces petits tueurs ultra-précis peuvent cibler une bactérie spécifique, un peu comme un missile téléguidé. Mais voilà le hic : leur précision est aussi leur limite. Chaque phage ne peut attaquer qu’un petit groupe de bactéries. Alors, comment trouver le bon phage pour éliminer une infection résistante aux antibiotiques ?

Des scientifiques de l’Institut Pasteur, de l’Inserm, de l’AP-HP et de l’Université Paris Cité ont mis au point un outil révolutionnaire pour répondre à ce défi. Ce nouvel outil, décrit dans une étude publiée le 31 octobre 2024 dans la revue Nature Microbiology, permet de sélectionner de manière simple et efficace les phages les plus adaptés à chaque infection.

La solution repose sur une intelligence artificielle (IA) capable d’identifier le phage idéal pour neutraliser les bactéries pathogènes. Après plus de deux ans de développement et d’entraînement, cette IA a prouvé son efficacité : elle a correctement prédit l’efficacité des phages contre les bactéries E. coli dans 85 % des cas, simplement en analysant l’ADN des bactéries.

« Grâce à l’IA, nous pouvons prédire avec précision 85 % des interactions phages-bactéries simplement en utilisant la séquence des génomes bactériens. Cela nous a permis de concevoir des cocktails de phages personnalisés efficaces à plus de 90 % », explique dans un communiqué de presse Aude Bernheim, responsable du laboratoire Diversité moléculaire des microbes à l’Institut Pasteur.

Cette avancée pourrait transformer la phagothérapie en une solution rapide et personnalisée pour contourner la résistance aux antibiotiques, un problème de santé publique majeur. Si aucune mesure n’est prise, les infections bactériennes risquent de devenir la première cause de décès dans le monde, devant les cancers. La résistance aux antimicrobiens pourrait entraîner jusqu'à 10 millions de décès par an en 2050.

« Il est très difficile de créer de nouveaux antibiotiques. En revanche, des alternatives existent. Les phages, par exemple, sont capables de détruire des bactéries pathogènes chez l’humain », précise-t-elle.

On n’en est peut-être pas encore au super-héros des bactéries, mais avec l’aide de l’IA, l’avenir de la lutte contre les infections résistantes s’annonce résolument high-tech et sur mesure.