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Fake news: La bactérie intestinale Prevotella n'a rien a voir avec les décès causés par le Coronavirus

2020-04-22
22.04.2020
2020-04-22
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Un message largement partagé sur les réseaux sociaux affirme que des chercheurs ont découvert qu’une bactérie, infectée par le Sars-CoV-2, serait la véritable responsable des cas graves de Covid-19. Cette thèse n’a aucune base scientifique.

Bonjour,

Nous avons reçu de nombreuses questions sur un message largement partagé sur Facebook, puis sur Twitter, ces derniers jours. Celui-ci fait état d'«une découverte majeure» qui relierait les cas graves de Covid-19 à une infection bactérienne.

Le message est un copié-collé d’un article mis en ligne le 19 avril sur le site Israël Magazine. Celui-ci débute par l’affirmation selon laquelle «plusieurs équipes dans plusieurs pays (notamment en Chine, en France – à Lille – aux USA)» auraient découvert que «le virus Covid-19» (sic) «ne tuerait pas directement, mais par l’intermédiaire d’une bactérie intestinale qu’il infecterait, la Prevotella… et c’est cette bactérie infectée qui, devenant virulente, déclencherait l’hyperréaction immunitaire qui délabre les poumons et tue le malade !»

La viralité du message a été telle qu’une question sur la «Prevotella» a même fait son chemin, ce 20 avril, dans les questions au directeur général de la santé – qui concédait n’avoir vu aucune publication scientifique sur le sujet.

L’auteur de l’article d’Israël Magazine ne source aucune de ses allégations. Contacté par CheckNews le 21 avril, le rédacteur en chef de la revue nous fait part de son embarras. «Ce qui s’est passé – c’est un truc absolument extraordinaire – c’est que l’un de mes journalistes m’a envoyé l’article. Ce n’est pas lui qui l’a fait, mais il m’a semblé bien fait, bien rédigé. Le problème c’est que je demande depuis ce matin la source à mon journaliste, et il est incapable de la retrouver. Il me dit que ça vient de Grèce, que c’est ensuite passé en Suisse, etc. Je n’arrive pas à mettre la main dessus. Mais ça ne m’avait semblé pas du tout "fake news", et super bien expliqué.»

Il nous invite à contacter le CHU de Lille – qui, de son côté, n’a jamais entendu parler de tels travaux.

Prevotella et Covid-19 : aucune étude publiée dans une revue scientifique

Une recherche sur les bases de données d’études médicales montre qu’aucune recherche associant Covid-19 et une bactérie du genre Prevotella n’a encore été publiée dans une revue scientifique.

Pour trouver trace de travaux sur cette thématique, il faut se tourner vers les plateformes de prépublication d’articles : celles-ci servent à présenter des articles qui n’ont pas été relus par des experts du domaine, et qui n’ont pas encore été acceptés dans une revue scientifique.

Sur ces plateformes non plus, aucune trace d’équipes chinoises, états-uniennes ou françaises faisant état d’une telle découverte. En revanche, on y découvre l’abondante production d’un chercheur indien, Sandeep Chakraborty, signataire de 16 prépublications sur le sujet depuis le début de l’année. En fait d’études scientifiques, l’essentiel de ces documents sont des «letters», un format d’article extrêmement court rédigé par un ou plusieurs chercheurs pour communiquer une observation à leurs pairs.

La première de ces communications est déjà citée dans 12 autres prépublications, qui sont toutes signées… Sandeep Chakraborty. Autrement dit, à cette heure, la seule personne dans toute la communauté scientifique à considérer l’hypothèse comme une piste intéressante est Chakraborty lui-même.

Que valent les arguments de Chakraborty ?

La thèse de Chakraborty repose sur plusieurs arguments. Le plus saillant est probablement le fait qu’une partie du code génétique de Sars-CoV-2 se retrouverait dans celui de bactéries prélevées sur des patients. Cette allégation est particulièrement douteuse.

Comme tous virus, les coronavirus injectent leur matériel génétique (ici codé sous forme d’ARN) dans les cellules, pour que celles-ci produisent de nouveaux virus à l’aide de leur machinerie cellulaire. Mais ce génome de coronavirus est présent librement dans la cellule, et n’est pas inséré dans le génome de la cellule hôte (comme c’est le cas avec les virus «phages»). Aucun processus identifié ne permet au message présent dans l’ARN du coronavirus d’être intégré dans l’ADN d’une cellule.

En outre, pour que Sars-CoV-2 puisse infecter Prevotella, il faudrait qu’il puisse se lier à un récepteur à la surface de cette bactérie… qui, jusqu’à preuve du contraire, ne présente pas de site ayant une affinité avec le coronavirus. 

Un pan important de la thèse de Chakraborty repose également sur l’énoncé de corrélations, desquelles il extrapole – sans preuve – un lien de cause à effet. Il note ainsi que la flore intestinale des enfants (tout du moins européens) est très pauvre en Prevotella, contrairement à celle des adultes – et remarque que les enfants sont moins bien moins touchés par la Covid-19 que les adultes. Autre corrélation : la structure cellulaire à laquelle se lie le Sars-CoV-2, l’enzyme ACE2, est fortement exprimée sur les cellules épithéliales de l’intestin. Or, Prevotella est une bactérie intestinale…

Complications de Covid-19 : les pneumonies bactériennes minoritaires

Chakraborty – et plus généralement ceux qui adhèrent à la thèse d’une implication de Prevotella, déjà colportée depuis quelques semaines sur des plateformes de blog francophones – affirme que cette bactérie se retrouve de façon massive et anormale dans les poumons des patients Covid+ hospitalisés. Cette affirmation est également fausse, à plus d’un titre.

Premièrement, les recherches menées sur des patients hospitalisés à Wuhan montrent que les infections secondaires des voies respiratoires par un autre pathogène ne concernaient que 10 % à 15 % des malades. Les infections bactériennes de l’organisme – qui n’évoluent pas nécessairement en pneumonie bactérienne – concernaient à peine plus de 40 % des patients les plus à risque). 

En outre, les analyses des bactéries responsables d’infections secondaires invasives chez les patients Covid+ ont mis en cause diverses souches bactériennes… mais pas Prevotella. Chakraborty se défausse en accusant la sensibilité des tests.

Sollicités par CheckNews, plusieurs chercheurs spécialisés dans le microbiote pulmonaire et les infections associées ont exprimé de très vives critiques à l’égard de l’approche de Chakraborty. Ils lui reprochent de tirer «des conclusions absurdes» sur la base de données «extrêmement minces», elles-mêmes dérivées «d’un nombre extrêmement restreint de cas».

La présence de Prevotella dans les poumons n’est pas jugée surprenante, puisqu’il s’agit d’une bactérie fréquente dans les voies respiratoires supérieures chez les patients sains, et qu’on la rencontre en petite quantité dans les voies respiratoires inférieures. Les détecter dans des échantillons prélevés chez des malades ne dit rien de leur implication dans un processus pathogène.

Les chercheurs interrogés n’excluent pas que le microbiome pulmonaire puisse jouer un rôle dans la Covid-19 – dans d’autres pathologies, la composition du microbiome pulmonaire est corrélée au pronostic vital, ou semble influer sur la réaction immunitaire –, mais insistent sur le fait qu’à ce jour, aucune donnée disponible n’apporte d’argument sérieux en faveur d’une telle hypothèse. Avant de s’emballer, «il faudrait attendre des publications dans des revues à comité de lecture, faites par plus d’une seule équipe», conclut l’un de nos interlocuteurs.

Pour conclure, notons que l’article publié par Israël Magazine incorpore la sempiternelle touche complotiste qui assure la viralité d’un tel message : la prétendue «découverte majeure» sera tue, lit-on, par «les médias aux ordres, qui avaient lynché Raoult parce qu’il laissait entrevoir cette piste thérapeutique bon marché qui concurrençait leurs antiviraux dont ils attendaient de gros retours financiers».


Liberation / MCP, via mediacongo.net
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