Il sera bientôt trop tard pour découvrir les origines biologiques du Covid-19

L’enquête sur l’origine du Covid se poursuit… difficilement. Or les experts tirent la sonnette d’alarme : le temps pour récolter les données biologiques qui permettront de trancher est compté.

Le SARS-CoV-2, virus de la Covid-19, est la clé de la plus grande pandémie de ces cent dernières années… Comprendre ses origines est donc crucial pour élucider ce qui s’est passé fin 2019 – et se préparer à la prochaine pandémie virale.

Les études de ce type prennent du temps, demandent de l’organisation et de la coopération. Elles doivent de surcroît être guidées par des principes scientifiques, et non par la politique ou des postures. Or, pour diverses raisons, l’enquête en cours sur les origines du SARS-CoV-2 a déjà pris trop de temps : cela fait en effet plus de 20 mois que les premiers cas ont été reconnus à Wuhan, en Chine, en décembre 2019.

Comme l’ont rapporté différents médias, les agences de renseignement américaines transmettaient le 24 août dernier au président des États-Unis, Joe Biden, le résultat de leur recherche sur l’émergence de l’épidémie. (Un résumé de ces travaux était déclassifié et rendu public quelques jours plus tard, ndlr).

Un compte-rendu préliminaire réalisé par le New York Times suggérait que l’enquête ne permet pas encore de déterminer si la propagation du virus résulte de sa fuite d’un laboratoire ou d’une émergence naturelle avec un passage de l’animal à l’homme.

La thèse du virus échappé d’un laboratoire reste, certes, une piste à explorer (si l’on parvenait à l’étayer scientifiquement), mais elle ne doit pas détourner l’attention de l’autre hypothèse qui, selon les données actuelles, devrait mobiliser la majeure partie de notre énergie… Plus le temps passe, moins il sera possible pour les experts de déterminer les origines biologiques du virus.

Je fais partie des experts envoyés à Wuhan plus tôt cette année dans le cadre de l’enquête de l’ OMS (Organisation mondiale de la santé) sur la question. Et nous avons constaté que les preuves indiquent en effet que la pandémie a plutôt débuté à la suite d’une transmission « zoonotique » du virus, c’est-à-dire d’un transfert d’un animal à l’homme.

Notre enquête a abouti à un rapport, publié en mars 2021, où nous donnons une série de recommandations pour la suite des travaux. Il est désormais urgent de s’atteler à concevoir des études afin de les soutenir.

Le 25 août dernier, avec d’autres participants au rapport de l’OMS, nous avons publié un article dans la revue Nature pour plaider en ce sens. Un temps crucial qui pourrait être consacré à travailler dans six domaines prioritaires est en train d’être perdu. Ces axes de recherche, selon nous, les voici :

Réaliser d’autres études de traçabilité basées sur les premiers rapports de la maladie,

Se pencher sur les anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 dans les régions ayant connu des cas précoces de Covid-19. C’est important étant donné que plusieurs pays, dont l’Italie, la France, l’Espagne et le Royaume-Uni, ont souvent rapporté des éléments non concluants de telles détections précoces,

Réaliser des enquêtes de traçabilité auprès de communautés en lien avec les fermes d’élevage d’animaux sauvages qui fournissaient les marchés de Wuhan,

Lancer des études d’évaluation des risques ciblées sur les possibles animaux hôtes. Il peut s’agir de l’hôte primaire (comme les chauves-souris), d’hôtes secondaires ou d’amplificateurs,

Concevoir des analyses détaillées des facteurs de risque des cas précoces, où qu’ils se soient produits…

… et suivre toute nouvelle piste crédible.

Une course contre la montre est engagée

Il faut rappeler que certaines analyses ne peuvent être menées que dans un intervalle de temps donné, car elles sont liées à des processus biologiques ponctuels. Les anticorps du SARS-CoV-2 apparaissent ainsi environ une semaine après qu’une personne ait été infectée par le virus (et se soit rétablie), ou après avoir été vaccinée.

Or les anticorps décroissent au fil du temps dans le corps – des échantillons collectés seulement maintenant auprès de personnes infectées en décembre 2019, ou même avant, pourraient donc être plus difficiles à examiner avec précision.

Se baser sur les anticorps présents dans la population générale pour distinguer vaccination, infection naturelle ou infection secondaire (surtout si l’infection initiale a eu lieu en 2019) est également problématique.

De fait, après une infection naturelle, une série d’anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 (dirigés contre la protéine Spike ou la nucléoprotéine) peuvent être détectés pendant une durée variable, à des concentrations variables et avec une capacité variable à neutraliser le virus… Et après une vaccination, plusieurs cas de figure sont possibles ; avec certains vaccins, seuls les anticorps dirigés contre la protéine Spike peuvent être détectés, et ils diminuent également avec le temps. Comment faire la part des choses ?

Pour ces travaux sur les anticorps du SARS-CoV-2, nous avons besoin d’un consensus international sur les méthodes de détection utilisées en laboratoire. Les différences entre les types de tests ont en effet donné lieu à plusieurs discussions sur la qualité des données recueillies.

Parvenir à un accord sur les techniques de laboratoire à employer dans les études sérologiques et génomiques virales, sur l’accès aux échantillons et quant à leur partage (en prenant également en compte les questions de consentement et de confidentialité) serait utile, mais cela prend… du temps. Il faut également du temps pour obtenir des financements – le temps n’est donc pas une ressource que nous pouvons encore gaspiller.

Les contraintes du terrain

En outre, à Wuhan, les données de terrain elles-mêmes ont été altérées. De nombreuses fermes d’élevage d’animaux sauvages ont fermé suite à l’épidémie initiale, généralement sans aucun contrôle. Et, avec la dispersion des animaux et des humains que cela entraîne, trouver des preuves biologiques chez les uns ou les autres de la propagation précoce du coronavirus devient de plus en plus compliqué.

Heureusement, certaines analyses peuvent quand même être menées actuellement. Il s’agit notamment de l’examen des premières études de cas, et de celles sur les donneurs de sang à Wuhan et dans d’autres villes de Chine (et partout ailleurs où il y a eu une détection précoce des génomes viraux).

Il est important d’examiner le déroulement ou les résultats de ces études tant par des experts locaux qu’internationaux, mais ce type de vérification croisée n’a pas encore été mis en place.

De nouveaux éléments sont apparus depuis notre rapport de mars. Ces documents et les données du rapport de l’OMS ont été examinés par des scientifiques indépendants et ils sont arrivés à des conclusions similaires à celles du rapport de l’OMS, à savoir :

- le réservoir d’hôtes pour le SARS-CoV-2 n’a pas encore été trouvé,

- les espèces clés (en Chine ou ailleurs) peuvent ne pas avoir été testées,

- les preuves scientifiques quant à l’origine zoonotique de l’épidémie sont solides.

Un pas en avant, un pas sur le côté…

Si la possibilité d’un accident de laboratoire ne peut être totalement écartée, elle s’avère hautement improbable. On ne peut pas minimiser l’impact des contacts répétés et réguliers qui se produisent entre homme et animal dans le commerce local des animaux sauvages.

Cependant, l’hypothèse d’une fuite continue de susciter un grand intérêt des médias en dépit des preuves concrètes disponibles… Ces discussions, plus politiques que scientifiques, ralentissent encore la coopération et les accords nécessaires pour faire progresser les études de la phase deux du rapport de l’OMS.

L’Organisation mondiale de la santé a demandé la création d’un nouveau comité chargé de superviser les futures études sur les origines. L’initiative est louable, mais elle risque de retarder davantage la planification nécessaire des études déjà définies sur les origines du SARS-CoV-2…

Dominic Dwyer ne travaille pas, ne conseille pas, ne possède pas de parts, ne reçoit pas de fonds d’une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n’a déclaré aucune autre affiliation que son organisme de recherche.