Covid-19: Un nouveau sous-variant d’Omicron scruté de près par les épidémiologistes

Des études sont en cours pour connaitre les caractéristiques précises de "BA.2", le petit frère du variant Omicron. Pour le ministre de la Santé, l'arrivée en France de ce sous-variant déjà majoritaire au Danemark ne "change pas la donne".

Apparu il y a quelques semaines, BA.2, surnommé "le petit frère d'Omicron" est un nouveau sous-variant d'Omicron, scruté de près par les scientifiques. Mentionné pour la première fois par Olivier Véran pendant la conférence de presse donnée jeudi 20 janvier après un Conseil de défense, ce nouveau dérivé du Covid-19 commence à intriguer. Que sait-on de lui ? France 24 fait le point.

D'où vient BA.2 ?

BA.2 a été repéré pour la première fois en Inde et en Afrique du Sud, fin décembre 2021. Il s'agit d'un sous-variant sans doute issu d'une mutation d'Omicron (dit BA.1) lors d'une de ces réplications (d'infections en infections). Pour rappel, Omicron était issu lui-même d'une mutation de Delta. D'autres sous-lignées ont déjà été référencées, telles que BA.3 ou BB.2, mais elles attirent moins l'attention des épidémiologistes à cause de l'augmentation des cas de personnes ayant contracté BA.2.

BA.2, lui, comporte plus de 20 mutations, dont la moitié environ au niveau de la protéine spike. Il s'agit de cette fameuse protéine qui interagit avec les cellules humaines et qui constitue la clé d'entrée du virus dans l'organisme.

Ce sous-variant est-il plus dangereux ?

L'Organisation mondiale de la santé (OMS), qui avait classé Omicron comme "variant préoccupant", ne fait à ce stade pas de distinction avec sa sous-lignée BA.2. De son côté, le ministre de la Santé français précise que "pour ce que nous savons pour l'instant, il correspond peu ou prou aux caractéristiques que nous connaissons d'Omicron". Il ne "change pas la donne" à ce stade, a ajouté Olivier Véran se voulant rassurant.

BA.2 est étudié de près par la communauté scientifique, mais il n'existe pas encore de données précises sur sa résistance aux vaccins ou la gravité des cas de Covid-19 engendrés. Les scientifiques commencent à s'exprimer sur le sujet, tout en restant prudents. Ainsi le virologue à l'Imperial College de Londres Tom Peacock indique que "les premières observations en Inde et au Danemark suggèrent qu'il n'y a pas de grosse différence de gravité par rapport à BA.1". "Ces données devraient se solidifier (dans un sens ou dans l'autre) dans les semaines à venir", prévient-il dans un tweet.

Pour l'épidémiologiste Antoine Flahault, le suivi des infections devrait permettre de tester la résistance de BA.2, notamment si des personnes infectées par l'Omicron classique sont de nouveau contaminées au sous-variant. Encore faut-il se donner les moyens de détecter les contaminations au BA.2 au sein de la population, ce qui semble délicat à ce stade ce qui ne semble pas aller de soi.

Pourquoi est-il si difficile à tracer ?

L'apparition de BA.2 pose un nouveau défi aux scientifiques, dans la mesure où son suivi n'est pas évident. D'après Florence Débarre, biologiste à l'Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris interrogée par Libération, en fonction des protocoles de tests PCR, dont le type de kits utilisés peut varier d'un laboratoire à un autre, il serait plus ou moins aisé d'identifier BA.2. "Au Royaume-Uni, explique la chercheuse, la façon de mener les tests ne permet pas de distinguer BA.2 et Delta".

Toutefois, il existe un autre outil de suivi des variants, plus précis mais plus rarement utilisé : le séquençage génétique du virus. Il permet de reconnaitre la présence exacte de cette sous-lignée, mais en France par exemple, seule une partie des tests effectués en laboratoire sont soumis de façon aléatoire à cette forme d'analyse plus approfondie et très onéreuse. Le séquençage a aussi le défaut d'être lent, ce qui n'est pas adapté à la surveillance d'un variant qui se propage rapidement.

Dans quels pays BA.2 a-t-il remplacé la lignée initiale ?

Le sous-variant est désormais présent dans au moins 43 pays sur l'ensemble des continents. Il serait devenu majoritaire au Danemark, où il remplace progressivement l'Omicron "classique". Dans le pays scandinave, le nombre de cas quotidiens de Covid-19 est reparti à la hausse alors que les Danois pensaient avoir atteint le pic. "Les autorités danoises n'ont pas d'explication à ce phénomène, mais il est suivi de près" selon l'agence Santé publique France qui surveille les dernières évolutions au Danemark. Cela "suggère qu'il est encore plus transmissible", s'entendent plusieurs spécialistes, dont Florence Débarre. Outre le Danemark, en Europe, BA.2 a été séquencé au Royaume-Uni, en Allemagne, en Belgique, en Italie, et aussi en France. L'Amérique du Nord, l'Asie et l'Australie sont également touchés.

BA.2 évolue-t-il aussi vite en France ?

À ce jour, le sous-variant a été détecté en France, "mais à des niveaux très faibles", indique l'agence Santé publique France. "On a une situation internationale où le variant Omicron circule beaucoup, il est normal qu'on observe au cours du temps des sous-lignages", a dit l'agence vendredi.

La France pensait avoir atteint son pic mi-janvier. Or les nouvelles contaminations semblent repartir à la hausse à la surprise générale. Quelques 425 183 Français ont encore été testés positif au Covid-19 le 20 janvier. Sur les sept derniers jours, la moyenne des cas quotidiens s'élève à 337 192, soit 9 % de plus que la semaine précédente.

Pour le professeur Antoine Flahault, interrogé par La Dépêche, BA.2 serait susceptible de relancer l'épidémie en France. "Au Royaume-Uni, le nombre de nouveaux cas de Covid-19 diminue de moitié tous les sept jours [...] On s'attendait à ce que la France emboîte le pas du pays avec deux semaines de décalage : ce n'est pas le cas. Et ce nouveau variant pourrait être à l'origine de l'augmentation très récente des contaminations que l'on est en train d'observer", explique ce membre du Conseil scientifique.

"Les capacités des systèmes de surveillance, épidémio-clinique afin de définir très rapidement les caractéristiques du nouveau variant seront essentielles", prévient ce même Conseil scientifique jeudi, elles "doivent donc être anticipées et préparées", alerte-t-il. Reste à savoir si la France peut s'en donner les moyens.